El funcionamiento básico del Banco de Alimentos de Toledo puede resumirse en tres actividades principales, recaudación de alimentos o de recursos monetarios que permitan su compra, almacenamiento y conservación de los alimentos recibidos, y reparto a entidades colaboradoras.

La recaudación de alimentos tiene varias vías, como son: donaciones directas de particulare, donaciones de empresas relacionadas con la alimentación -ya sean de producción o de distribución- y diversos programas como el FEGA (Fondo Español de Garantía Agraria, organismo autónomo del Ministerio de Agricultura y Medio Ambiente). Es un Programa Operativo de ayuda alimentaria del Fondo de Ayuda Europea para las Personas Más Desfavorecidas (2014-2020) en España.

Las colectas son una fuente muy improtante de recogida de alimentos. Cabe destacar La Gran Recogida que se celebra simultáneamente en una serie de centros comerciales de distintos municipios de la provincia y requiere la participación de gran número de voluntarios. Suele ser la última semana del mes de noviembre o la primera de diciembre. 

El traslado de los alimentos donados hasta la sede del Banco de Alimentos puede ir a cargo de la entidad donadora o recogido por el personal del Banco de Alimentos.

Una vez en el Banco de Alimentos, los alimentos se contabilizan y se almacenan teniendo en cuenta distintos criterios como la fecha de caducidad o de consumo preferente, el tipo de alimentos y al tipo de personas que van a destinarse (por ejemplo, si son alimentos infantiles). Aquí, la labor de los voluntarios también es inestimable ya que es un proceso tedioso y que requiere una cierta habilidad.

Las personas que necesitan alimentos se adhieren a distintas entidades cercanas a ellos, como son ayuntamientos y otras asociaciones locales. Para poder pertenecer a una entidad son necesarios unos requisitos básicos que muestren la necesidad de la persona o familia.

Las entidades se registran en el Banco de Alimentos indicando el número de usuarios y las características de sus necesidades.

El Banco de alimentos se pone periódicamente en contacto con las entidades para comunicar la asignación y entrega de alimentos. De nuevo los voluntarios vuelven a se importantes. Las distintas entidades pueden recoger los alimentos en la sede del Banco de Alimentos y posteriormente repartirlos entre las personas registradas adheridas a su entidad.