El funcionamiento básico del Banco de Alimentos de Toledo puede resumirse en tres actividades principales:

- Recaudación de alimentos o de recursos monetarios que permitan su compra

- Almacenamiento y conservación de los alimentos recibidos

- Reparto de dichos alimentos a entidades asistenciales

La recaudación de alimentos tiene varias vías, como son: donaciones directas de particulares, donaciones de empresas relacionadas con la alimentación -ya sean de producción o de distribución- y diversos programas oficiales, como el FEGA (Fondo Español de Garantía Agraria, organismo autónomo del Ministerio de Agricultura y Medio Ambiente), que encauza un suministro de ayuda alimentaria del Fondo de Ayuda Europea para las Personas Más Desfavorecidas en España.

Las colectas son una fuente muy importante de recogida de alimentos. Cabe destacar la Gran Recogida que se celebra simultáneamente en una serie de centros comerciales de distintos municipios de la provincia y que requiere la participación de gran número de voluntarios. Suele ser la última semana del mes de noviembre o la primera de diciembre. 

El traslado de los alimentos donados hasta la sede del Banco de Alimentos puede ir a cargo de la entidad donadora o recogido por el personal del Banco de Alimentos.

Una vez en el Banco de Alimentos, los alimentos se contabilizan y se almacenan teniendo en cuenta distintos criterios, como la fecha de caducidad o de consumo preferente, el tipo de alimentos y al tipo de personas que van a destinarse (por ejemplo, si son alimentos infantiles). Aquí, la labor de los voluntarios también es inestimable, ya que es un proceso laborioso y que requiere una cierta habilidad.

Las personas que necesitan alimentos se adhieren a distintas entidades asistenciales cercanas a ellos, como son ayuntamientos y otras asociaciones benéficas locales, públicas o privadas. Para poder ser beneficiario de una de estas entidades son necesarios unos requisitos básicos que demuestren la necesidad de la persona o familia.

Las entidades se registran en el Banco de Alimentos indicando el número de usuarios y las características de sus necesidades.

El Banco de Alimentos acuerda con las entidades un calendario para la asignación y entrega periódica de alimentos. En función de dicho calendario y del stock de alimentos disponible, el Banco de Alimentos confecciona una agenda mediante un programa informático de gestión que asigna los lotes correspondientes y que son confeccionados por los voluntarios. Las distintas entidades pueden recoger los alimentos en la sede del Banco de Alimentos y posteriormente repartirlos entre las personas registradas adheridas a su entidad.